リーガ・エスパニョールで活躍の場を得るため、16歳でサムエル・エトーはレガネスに入団した。レアル・マドリードからのレンタル移籍によるブタルケへの到着は自身にとってエリートフットボール界の第一歩だった。ファン・ハール監督率いるバルサが1997/98季のリーガを制覇したこのとき、エトーはレガネスの2部リーグ残留を牽引した。しかし成功はほどなく訪れる。エスパニョールとレアル・マドリードでプレーした1シーズン半を経てマジョルカへ移籍。以降5シーズンの在籍で大きく成長を果たした。
その活躍はFCバルセロナ強化部の目に止まり、サムエル・エトーに賭けることが決まった。アスルグラナの9番は2004/05季、ライカールト監督が率いるバルサに加入、その後5シーズンのクラブ所属でエトーはクラブ史に刻まれるチームの一員となった。通算で199試合130ゴールを決め、このなかにはアスルグラナの成功に導く数々の決定的なシーンでのものが含まれている。
チームでのタイトル獲得実績はリーガ3回、チャンピオンズリーグ2回、スペインスーパーカップ2回、国王杯1回、個人としてもアフリカ年間最優秀選手賞3回、欧州ブロンズシュー2回、リーガ・エスパニョーラ最多得点選手賞2回と誰もがうらやむもの。またライカールト監督下で初めて勝ち取ったリーガ優勝決定のレバンテとのアウェー戦では同点ゴールを決めた。さらに2度のチャンピオンズリーグ優勝時にも決定的な仕事を果たす。スタッド・ド・フランス、ローマと2度の決勝ではともにチーム最初の得点を記録した。
